พรรคคอมมิวนิสต์พยายามปฏิรูปประเทศตามแบบลัทธิคอมมิวนิสต์ การปฏิบัติตนตามหลักศาสนาถูกสั่งห้าม พรรคคอมมิวนิสต์เชิญโซเวียตเข้ามีส่วนร่วมในการปรับปรุงประเทศ เช่นสร้างถนน โรงเรียน โรงพยาบาล และเหมืองแร่ ภายใต้อิทธิพลของโซเวียต มีการตัดตั้งกลุ่มต่าง ๆ ขึ้นมาเพื่อต่อต้านโซเวียตโดยใช้ความรุนแรง รัฐบาลพยายามปราบด้วยความรุนแรงแต่ไม่สำเร็จ

กลุ่มเหล่านี้เป็นที่รู้จักในชื่อมุญาฮิดีนหรือนักรบมุสลิมผู้ศักดิ์สิทธิ์ พ.ศ. 2522 เกิดการโจมตีจากกลุ่มต่อต้านไปทั่วอัฟกานิสถาน โซเวียตส่งกองทหารเข้ามาช่วยเหลือรัฐบาลคอมมิวนิสต์ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2522 กองทัพโซเวียตบุกถึงกรุงคาบูล ถือเป็นจุดเริ่มต้นของการยึดครองอัฟกานิสถานและทำให้เกิดสงครามต่อต้านโซเวียตตามมา สงครามนี้ยุติลงในพ.ศ. 2532 หลังจากโซเวียตถอนทหารออกไปเมื่อ พ.ศ. 2531

ภายในช่วง 9 ปีที่โซเวียตเข้ายึดครองอัฟกานิสถาน กลุ่มมุญาฮิดีนก่อกบฏต่อต้านโซเวียต โดยกลุ่มนี้ได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐอเมริกา ซาอุดิอาระเบียและปากีสถาน และมีนักรบมุสลิมจากต่างชาติเข้าร่วม

ในกลุ่มคนต่างชาติเหล่านี้ หนึ่งในนั้นคืออุซามะฮ์ บิน ลาดิน ผู้ซึ่งเข้าไปฝึกฝนมุญาฮิดีนและส่งมอบอาวุธให้ ในพ.ศ. 2531 บิน ลาดิน แตกออกจากกลุ่ม Maktab al-khidamat เดิม ไปตั้งกลุ่มใหม่ของตนคืออัลกออิดะฮ์ เพื่อต่อต้านโซเวียตและร่วมมือกับกองกำลังมุสลิมทั่วโลก โซเวียตถอนทหารออกหมดเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2532 แต่ยังคงช่วยเหลือรัฐบาลของโมฮัมหมัด นาญิบุลลอฮ์ต่อไป ความช่วยเหลือจากสหรัฐและซาอุฯ ให้กับมุญาฮิดีนยังเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง จนสหภาพโซเวียตล่มสลาย รัฐบาลของนาญิบุลลอฮ์จึงล้มลงเมื่อ 18 เมษายน พ.ศ. 2535 อับดุลซาอิด ดอสตุม และอาหมัด ชาห์ มาซูด เข้าครอบครองกรุงคาบูลและจัดตั้งรัฐอิสลามอัฟกานิสถาน